三九（杏）が帰ってこないことと、京介（長瀬智也）が出て行ったことを不審に思った平原源一（高田純次）と泉（伊藤かずえ）は霧山（寺島進）に事情を聞くため、秘密諜報部を訪れる。源一と泉は霧山から三九がテロリストに連れ去られたかもしれないと聞く。霧山は三九を救い出すことを二人に約束し、ミスター匠（柄本明）のアジトを探し始める。
霧山は京介を呼び戻すため、あるミッションを開始する。そのかいあって、京介は定食屋に戻り、源一と泉に連れられて再び秘密諜報部にやって来る。
一方、ミスター匠のアジトでは、三九の前にミスター匠が現れ、京介がきっと来ると言う。そのことからミスター匠のねらいが京介を誘き出すことであることに気づく三九。
三九の捜索に協力を求め、ミスター匠との過去を聞きだすべく、京介とドロシー（深田恭子）は吉澤総理（渡哲也）のもとを訪れる。そこで京介はある決意を語り始め…、吉澤総理はミスター匠との過去を明かす…
華麗なるスパイ公式サイトより
